那年春天，憨山將《觀楞伽記》刻印了100多部，贈送給海內各界人士，此舉是為了讓人們知道他處患難中未忘佛事，而且唯恐死而無聞。憨山發(fā)現(xiàn)廣東的風俗喜歡殺生，中元節(jié)（七月十五）都喜歡殺牲口祭拜祖先，市井間積牲如積薪，于是他舉辦盂蘭盆會，勸說人在此日齋僧放生，用蔬果祭祖。不少人受他的影響，甚至喪祭大事、父母壽日也都放生齋素，許多地方成立了放生會，憨山非常欣慰。

明萬歷三十一年，憨山大師的摯友真可大師在京中因刻書之事受連下獄，與其關系密切的憨山受波及。第二年正月，按院下了檄文，令憨山還戍居住，也就是要回到充軍的原地雷州，于是憨山離開苦心經(jīng)營的曹溪南華寺回到雷州。憨山想不到先前欲奔走朝廷為自己伸冤的真可大師有難，頓時有一種“同是天涯淪落人”的感慨。受達觀（真可號達觀）之厄牽連，憨山還能定下心來著書，是因為他想起達觀曾說過“楞嚴說七趣因果，世書無對解者”，他悟及“春秋乃明明因果之書耳”，在雷州寫下了《春秋左氏心法》，他認為“左氏心法，得之孔子。祖師心法，得之菩薩。入世出世，義莫大乎春秋也。”

公元1606年8月，有一個人的降生使憨山結束被流放的命運。神宗皇帝因為長孫的出生，于是大赦天下，憨山得以赦放。遇赦后，憨山輾轉曹溪、廣州、衡山、湖東等地，直到1614年，憨山被他的超級“粉絲”慈圣皇太后召入宮中，皇太后還給他僧衣度牒?？啾M甘來，被削去僧籍、流放雷州多年的憨山大師，終于又得以回歸僧侶名冊之中。 1622年，憨山受邀回到曹溪，次年在南華寺圓寂，肉身供奉在該寺。

憨山多才多藝，佛經(jīng)、書法、詩詞無所不曉。他弘法數(shù)十年，度引無數(shù)眾生，影響巨大；他的《醒世歌》被制作為歌曲專輯，廣為流唱；他的書法被中國當代著名書畫家啟功評為“五百年來見幾曾”。在雷州期間，憨山曾謂學有三要：“不知《春秋》，不能涉世；不精老莊，不能忘世；不懂參禪，不能出世”?！盀閷W三要”之說，成為17世紀以來三教一體的名言，對后世的禪宗思想及美學思想產(chǎn)生積極的影響。